江戸末期には、蔵を京都・洛中（現在の中京区河原町通下丸屋町）へ移し、酒造りを続けました。
のちの古地図に、松井酒造の名があります。
口伝えによりますと、当時は三軒の酒蔵が軒を連ねており、その真ん中、二軒の酒蔵に挟まれて松井酒造があったようです。
洛中の酒蔵は全て、いくつかの組を構成し、組ごとにひとつの井戸を共有していました。
松井は醸友組に属し、松屋町左馬松町の井戸（現在は解体）を共有しており、そのつながりは今も続きます。

しかしながら、いつでも順風満帆であったわけではありません。
幕末の混乱、東京への遷都と京都が迎えた激動に松井酒造も翻弄されました。
禁門の変に伴う元治の大火では蔵を焼失し、大変厳しい舵取りを強いられたと聞きます。
その後、大正年間から昭和後期にかけて、京都は路面電車が走るようになりました。
その拡張工事に伴い、松井は移転を余儀なくされます。
１３代目当主は良質な水を求め現在の地 左京区吉田河原町へ移ることを決断、酒は評判を呼び、相国寺、金閣寺を始めとした高名な寺社仏閣よりご用命をいただくようになりました。
大正四年の大正天皇御大礼の折には、世界各国からの来賓をお迎えする分宿として松井酒造は海軍をお招きいたしました。 しかし、それは一時期の安寧に過ぎず、日本は戦争の時代へと進みます。
戦時中、蔵は解体、併合され、一時、社名は大和酒造と改名、軍へ支給する酒を造り続けたそうです。
高度成長期を迎え路面電車の廃止と同時に、京都は都市化が進み地下鉄が発達します。
人々の暮らしの利便性は向上しますが、地下工事の影響により、酒造りの要である井戸水が使えなくなりました。
折しも外国からの輸入酒、ビールなどの台頭により、日本酒は徐々に廃れていった時代でもあります。
松井酒造は酒造りを断念さざるを得なくなり、以後集約製造により酒造免許を維持して参りました。